Los antecedentes de la educación media en Nicaragua datan de 1812, año en que se decreta la constitución del Seminario de San Ramón, en León, donde se formaban los estudiantes que luego debían viajar a Guatemala para obtener los grados de bachiller, licenciado o doctor.
La fundación de la Universidad en Nicaragua, estuvo influida por las ideas ilustradas, que en el caso de esta Provincia, expresaban la aspiración por librarse de la sujeción guatemalteca. La fuerte incidencia que Guatemala demostró sobre Nicaragua llevó a los líderes de la Provincia a concebir la necesidad de empezar a crear sus propios espacios de educación superior.
Las guerras federales que afectaron también a Nicaragua no permitieron un funcionamiento normal de la Universidad, en especial con la guerra que se realizó contra el gobierno de Dionisio Herrera a partir de 1829 y que se extendió hasta 1832.
En la década del 40 del siglo XIX se fue suscitando una inquietud por mejorar el funcionamiento de la Alta Casa de estudios de León; no obstante, esto sólo aconteció hasta 1847 cuando se adoptaron los reglamentos de la Universidad de San Carlos de Guatemala y se instaló el Protomedicato y la Facultad de Medicina.
La fundación de la nueva Universidad en Managua se llevó a cabo en 1941 y cerró sus puertas en 1944 debido a las protestas contra los deseos de reelección de Anastasio Somoza García. Como resultado de las manifestaciones, estudiantes y profesionales fueron golpeados y arrestados, y se les aplicó un juicio posterior que los condenó a prisión y al exilio. El resultado para la Universidad de Managua fue el encarcelamiento de más de sesenta estudiantes y la destitución de catorce profesores, pero demostró ser la conciencia crítica que se enfrentó al régimen que pretendía consolidarse en el país.
La Universidad de Managua no contaba con autonomía, al igual que las de León y Granada, y dependía en gran medida del presupuesto del Estado y la dirección del Ministerio de Instrucción Pública, lo que facilitó su cierre el 28 de junio de 1944. Ante esto, toda la actividad universitaria se trasladó a León, donde acudía una población estudiantil heterogénea y cuyo núcleo no había participado directamente en los sucesos mencionados.
Posteriormente, se inicia un movimiento social de gran empuje, consolidandose en función de crear un pensamiento universitario que cuestionaba a la dictadura y la voluntad unipersonal de Somoza García por mantenerse en el poder. El actuar universitario fue la base para dar impulso a diferentes organizaciones que surgieron para plantear su propia forma de terminar con la dictadura somocista.
