Al establecerse en el País, el régimen autónomo de la Universidad Boliviana, por precepto constitucional en el año 1930, la Universidad tarijeña fue fundada con su actual nombre, el 6 de junio de 1946 por un grupo de profesionales tarijeños, con dos Facultades: Derecho, Ciencias Políticas y Sociales, Filosofía y Letras, en sus primeros cursos; la de Humanidades y Ciencias de la Educación, aunque esta última tuvo una efímera duración. Careciendo de local propio utilizó inicialmente las instalaciones del Colegio Nacional San Luís, hasta que la Honorable Alcaldía Municipal cedió uno de sus inmuebles para la nueva institución.
Obtuvo el reconocimiento de su personería jurídica y la aprobación de sus Estatutos mediante Resolución Suprema del 20 de octubre de 1946, otorgada por el Ministerio de Educación, Bellas Artes y Asuntos Indígenas. Su primer Rector designado por asamblea general de profesores y alumnos fue el profesor Federico Ávila, promotor de su apertura, que desempeño el cargo hasta el 29 de agosto del mismo año, fecha en la que la asamblea designó al Dr. Octavio O´Connor D´Arlach como el nuevo Rector.
Posteriormente, en 1947 se creó la Facultad de Ciencias Económicas y Financieras, juntamente con de Derecho, se mantienen hasta el presente. También se creó el Instituto de Obstetricia que por transformaciones posteriores llegó a constituir la actual Carrera de Enfermería.
En el año de 1948, el Gobierno adjudicó una Imprenta a la Universidad (D.S. de 8 de abril), en la que se empezó a editar la revista “Universitaria” y a publicar obras de diverso género. En ese mismo año, el Consejo Universitario aprueba las primeras bases normativas académicas con los Reglamentos de Concurso de Meritos y Exámenes de Competencia para la Provisión de Cátedras de las Facultades e Institutos.
En el año 1950 mediante D.S. del 9 de marzo, el Estado transfiere a la Universidad un Fundo en los alrededores de la ciudad, en el que se creó la Escuela de Agricultura y Ganadería el 5 de noviembre de 1951.
En 1951 se fundó la Universidad Popular “Eustaquio Méndez”, dependiente de la Universidad Autónoma “Juan Misael Saracho”, con los Institutos de: Capacitación Sindical, Tecnológico, Topografía y de Maestros Alfabetizadores, los cuales fueron clausurados en años posteriores.
A partir de 1952, mediante Leyes y Decretos Supremos, se crean ingresos propios, la situación de la Universidad mejora considerablemente, con los que adquieren nuevos terrenos para construir infraestructura moderna, pero este proyecto se ve postergado por el proceso inflacionario que sufrió el país en esa década.
Entre los años 1955 y 1958, se produce algunos cambios en sus bases normativas y estructura organizativa: así por ejemplo se establece la categorización por años de servicio para el personal Docente y Administrativo; se crean los Departamentos de Extensión Cultural y Publicaciones y Administrativo, se aprueba el nuevo Estatuto Orgánico, entro otros.
Por ordenanza Universitaria Nº 206 de 10 de abril de 1959, se crea la Facultad de Odontología, con equipos dentales obtenidos mediante donación.
Entre los años 1964 y 1965, se produjeron también algunas transformaciones significativas como por ejemplo la Creación del Laboratorio Central de Análisis Clínico, Creación del Instituto de Investigaciones Jurídica y Sociales de la Carrera de Derecho, y la transformación del Museo Paleontológico incluyendo su inmueble por la Honorable Alcaldía Municipal.
En 1966 se crea la Facultad de Ingeniaría Forestal que posteriormente se constituye en la Facultad de Ciencias Agrícolas y Forestales, incorporando dentro de ella a la antigua Escuela Práctica de Agricultura y Ganadería, con el nuevo nivel de Licenciados en Ingeniería Agronómica.
En 1973, se crea la Faculta de Ciencias Pura y Naturales con las Carreras de: Matemáticas, Física, Química y Geociencia, que en años posteriores se transforma en la Facultad de Ciencia y Tecnología. También en ese año, en la Facultad de Ciencias Económicas y Financieras se crea la Carrera de Auditoría, manteniendo la de Economía, y en 1974 se crea la Carrera de Administración de Empresas.
Entre los años 1980 y 1997, se crearon las siguientes carreras: Ingeniería Química. Ingeniería de Alimentos, Ingeniería Civil, Ingeniería en Sistemas, Farmacia y Bioquímica, Instituto de Zootecnia en Villamontes, Instituto Agropecuario “Gran Chaco” en Yacuiba, el Instituto Superior de Contabilidad también en Yacuiba y el Instituto Superior de Contabilidad y Cooperativas en Bermejo.
Es a partir de ese año que se inicia un proceso de cambio y transformación, el mismo que se institucionaliza con un nuevo estatuto orgánico aprobado por el Honorable Consejo Universitario Ampliado mediante R. H. C. U. A. Nº 05/04 del 13 de agosto de 2004.
Una etapa notable en este desarrollo fue el nombramiento de Universidad Piloto para el Cambio y Transformación de la Educación Superior, a través de la IESALC-UNESCO en la década del noventa; lo que determinó el Rediseño Curricular y la Nueva Estructura Académica implementada en el año 2002, proceso que aún sigue adelante.
El año 2006 la UAJMS logró un nuevo convenio con la UNESCO para la consolidación del proceso de Cambio y Transformación iniciado en gestiones pasadas, fruto de los logros positivos obtenidos a la fecha, para constituirse en un referente de Universidad Regional a nivel Latinoamericano, que desarrolla procesos de transformación y modernización en el marco de la Declaración Mundial sobre la Educación Superior en el Siglo XXI.”
La UAJMS tiene sus oficinas centrales y la mayoría de las unidades académicas en la ciudad de Tarija, además tiene presencia en diferentes poblaciones del departamento de Tarija, con carreras acordes a las necesidades y requerimientos de las diferentes regiones (Bermejo, Yacuiba, Villa montes y Palmar Grande), así como en diferentes puntos del área rural y de la capital del departamento.
